Eesti Kirikute Nõukogu noorsootöö valdkonna ülesanne on arendada oikumeenilist suhtlemist liikmeskirikute noorte vahel. EKNi noorsootöö ümarlaud on tegutsenud 90ndate aastate algusest aktiivsemalt ja vähem aktiivsemalt. 1. aprillil 2004 asutati Eesti Kirikute Noortenõukogu, kuhu kuuluvad Eesti suuremate kristlike kirikute noorsootöö juhid. Igal kuul saadakse kokku, et arendada kirikutevahelisi suhteid ja koostööd, vahetada informatsiooni ning arutada noorsootöö küsimusi.

Kirikutevaheline suhtlemine on väga oluline. Koostegemisel on lisaväärtus, see on ka noortele julgustuseks. Teadmised teistest konfessioonist teevad meid tolerantsemaks, me suudame teisi aktsepteerida. Kui sul on teadmised, siis see enam ei hirmuta ja sa ei võitle ka sellele vastu. Kui me ise jagame seda, mis me ise oleme õppinud ja tunnetanud, siis on lootust, et need, kelle seltsis me viibime, hakkavad huvi tundma selle vastu, mida me jagame. EKNNi koosolekutel on vajalik, et toimuks erinevate konfessioonide vaheline noortejuhtide suhtlemine. Aeg ajalt võiks teha laiendatud kohtumisi. Kui meie ühtsus on reaalne, siis muudab see ka väljaspool olijate suhtumist. Eesti oikumeenia on eeskujuks välismaal.

EKNN toetab ka teiste kristlike kirikute poolt korraldatavaid noortele suunatud (suur)üritusi. Need on: EEKBKL korraldatavad Piiblipäevad, EKNK korraldatav Vali Vabadus tuur, EELK kristlik noortefestival JäPe, EMK noorteõhtu Enodo, EAÕK poolt korraldatav noortefestival Orthofest. Need üritused on kvaliteetse korralduse ja sisuka programmiga võitnud nii korraldava kiriku noorte poolehoiu kui ka leidnud aktiivset osavõtu teiste kirikute noorte poolt. Need üritused innustavad kirikute omavahelist suhtlust, noorte usulist harimist ja kasvatavad sellega uut oikumeenilise liikumise põlvkonda Eestis. Need üritused toetavad ka EKNNi tööd ja eesmärke, mis EKNN on oma tegutsemisele seadnud.

Eesti Kirikute Noortenõukogu on Euroopa Oikumeenilise Noortenõukogu (Ecumenical Youth Council of Europe) ametlik liige.